A Vanilla Ninja 2002-ben alakult, és csak lánytagokból áll. Zenéjüket általánosan lightosabb rock-ként elemzik, ám a rockon belül többféle stílusjegy megtalálható benne, így a gothic rock, a pop rock és a hard rock is. Az alapítótagok Lenna Kuurmaa, Maarja Kivi, Piret Järvis és Katrin Siska voltak, és alig 17-18 évesen hozták létre a bandát. 2004-ben Maarja kilépett a csapatból, helyére Triinu Kivilaan érkezett.
Első albumuk 2003-ban jelent meg Vanilla Ninja címen, ezzel azonban még csak Észtországon belül értek el sikereket. Következő lemezük, a Traces of Sadness már Európa több országában is népszerűséget hozott nekik. Az igazi áttörést a Tough Enough című maxijuk hozta meg, innentől kezdve folyamatosan érték el a sikereket. Harmadik lemezük, a Blue Tattoo 2005-ben jelent meg, nagy sikerrel. Ugyanebben az évben az Eurovíziós Dalfesztiválon is indultak a Cool Vibes című számukkal – érdekes módon nem Észtország, hanem Svájc színeiben -, és egészen a nyolcadik helyig jutottak.
Az együttes neve azért lett Vanilla Ninja, mert a megalakuláskor mindegyik lány haja világos volt (innen a Vanilla, azaz vanília) és olyan kemény és harcos a stílusuk, mint a nindzsáknak (innen a Ninja).
2006 óta csak hárman vannak a zenekarban, Triinu ugyanis kilépett. Ebben az évben új lemezzel is előrukkoltak, amely a Love is War címet kapta.
Hivatalos honlapjuk 2009 vége óta nem frissült, de reméljük, hamarosan ismét hallatnak magukról a vanília-lányok!
2010. július 1.